一、三接爭議期間，民間曾提出既然一、二接都在擴增儲氣槽，若管線輸氣能力不足，何不以增加輸氣管線取代在環境敏感區新建接收站？當時政府宣稱增設管線不可行，堅持興建三接破壞藻礁生態系，卻在公投後增加輸氣管線，可知當初決策草率。
二、通霄至大潭目前已有輸氣海管，台電也規畫設置兩條輸氣海管，現在中油又要增設一條海管，接近的路線設置四條海管，是否確有必要性？應加以檢討。
三、本案開發之必要性很重要，如何減低對海洋野生動物的衝擊也很重要，施工管線在通霄確定有在野生動物重要棲息環境的範圍內，應該更多著墨在保護目標物種(台灣白海豚及其他的海洋哺乳類動物)對噪音承受，食物來源影響，底泥擾動海水混濁度增加等重點，研擬具體因應措施，但本報告中只有粗略帶過，應再補充。
四、海底管線工程約78公里，陸上管線工程約7.8公里，開關站/配氣站站區為0.42公頃，本說明書中預測開發行為可能引起之環境影響 (P.7-51)，只著重在陸域，對於十倍長度的海域，卻輕描淡寫的兩三行帶過，應加以補充。
五、本說明書列出來特別標定的珍稀植物大多是人為栽培，而非原生，因此這裡的植物保護原則應該著重於植群的功能性，例如防風林破壞0.42公頃，將會造成帶狀的防風力有一個缺口，防風林後方的民宅或農漁業都會受到影響，應提出因應對策，降低並彌補對民宅及農漁業的影響。剖面圖大多是對照區，應該著重在衝擊區，生態補償的措施也沒有看到說明。
六、P.6-221海域調查包括浮游生物、底棲生物、成魚調查，對於後續施工期的生態監測有何對應關係，如何釐清施工是否對海中的浮游生物、底棲生物、成魚有影響，有相對應的數據嗎？(P.7-50)。
七、底棲生物的採樣方式沒有描述，目前看到的資料新屋端的物種顯示為藻礁生態系。本說明書中提到地質調查資料沒有顯示(P.6-78)，只有提到文獻中觀新保護區的資料P.6-329。而長達1公里上岸海管沿線，只有設置一個樣點，同樣(P.6-23)之底質補充調查點，海平行海岸線的點位很多，但垂直海岸的上岸段，新屋端亞潮帶及潮間帶地形及底棲動物組成變化劇烈，但卻只有一個點，顯然不足以代表地質和生態。應再增加調查的點位，釐清環境狀況。
八、沒有描述海管近岸段的棲地類型，生態調查方法也缺乏描述，桃園新屋上岸端為藻礁地形珍貴的藻礁生態系，為何一定要從有藻礁的海岸段上岸，是否有全面調查週邊海域的地質？往北800公尺大坡溪口，是否應列入替代方案評估？
九、P.6-67-75水質調查目前懸浮固體大部分是低於1ppm，最高測到7.6 ppm；而中油三接工程施工期間，懸浮固體超過100ppm，竟有連續高達236小時、519小時、740小時及355小時等狀況。本案工程會經過保育類野生動物重要棲息環境，請問：施工階段懸浮固體的容許範圍是多少？超過哪一個標準以上要提應對策？停工機制？有沒有數據顯示欲保全物種的耐受性及生理容許值。防濁減輕措施沒有依據對應的生態研究作出具體說明因應對策？
十、潮間帶調查顯示點位資料是沿著海岸高潮線和管線施工影響關係薄弱，調查結果意義不大，應強化對管線工程預定地的調查。
十一、漁獲量的資料與本案的重點保護對象台灣白海豚有密切關係，應該有後續的說明。目擊資料對施工過程減輕衝擊很重要，整體來說，白海豚的目擊次數不算少(6-342)，但後續施工過程，若目擊到白海豚後的因應措施沒有說明，環境影響說明書之承諾事項請補充說明。
十二、通霄端是很重要的台灣白海豚棲地，本說明書中提到的鯨豚生態水下聲學調查、收集鯨豚擱淺的資料，如何確認施工造成的衝擊?停工機制?因應對策?都沒有描述。
十三、世界僅存約1000隻的瀕臨絕種保育類動物露脊鼠海豚（江豚）分佈在水深50公尺以內的海域，2020年至2023年桃園、新竹及苗栗三縣市露脊鼠海豚擱淺有19筆記錄資料(P.6-338)，本案施工範圍為其重要棲息地，也應該列入重點。江豚是比較難以目擊方式調查，但出現在施工範圍中的機率不小，所以是否有相關的資料可以協助避免或降低衝擊，例如採用生物聲學偵測，以掌握其分布。
十四、管線埋設的深度沒有標示，根據現有資料台灣白海豚的棲息地在水深30公尺以內的海域都有分佈，雖然海洋保育署所公佈的野生動物重要棲息環境的邊界畫設在離岸一至三海浬的位置，但是實際上的分佈範圍是遠大此範圍，在本說明書中應該更仔細的說明。