一、2009年12月10日，農委會倉促召開行政院永續會生物多樣性分組「保護台灣中華白海豚行動98年第二次跨部會協商會議」。多位永續會委員反應：12月8日才發文，收到通知時會議都已結束了！許多永續會委員變相無法與會，農委會顯有行政瑕疵，令人起疑：農委會何以匆忙至此，不知考量何在？身為全國保育最高主管機關，僅通知危害白海豚生存之開發目的事業主管機關、所委託之研究單位出席，而未知會長年致力保育白海豚的「媽祖魚保育聯盟」各成員社團、「福爾摩莎鯨保育研究小組」（2002年發現這個台灣獨特的白海豚族群，到今天仍在進行關鍵的白海豚保育研究）及2008年1月成立，至今仍提供相關科學顧問服務的國際科學團隊「東台灣海峽白海豚技術顧問工作小組」（Eastern Taiwan Strait Sousa Technical Advisory Working Group）。加上近日數起嚴重的反保育決策，皆因農委會資訊不公開、規避民意監督之黑箱作業而起，例如假研究之名開放42艘雙拖快速網進行拖網作業等事件。
二、台灣中華白海豚族群已被國際自然保育聯盟（IUCN）納入瀕危物種紅皮書的「極危」名單，無疑是一個國際議題。台灣本身缺此專業外，政府所委託的研究，就國際標準觀之，其立場令人質疑—有加工毀滅白海豚的傾向。
三、國內保育團體多次向政府反應，表達願提供與國際接軌的白海豚保育技術之訊息給政府；遺憾的是，陳情過後，光陰似箭、公文往返，至今仍不見政府敞開心胸，大方的讓民間團體參與決策。
四、民間團體於2007年及2009年召開的國際工作會議，皆邀請主管相關業務之政府機關與會，無不抱持官民夥伴關係，共同努力保育白海豚。詎料，官方承諾邀請民間參與之聲言猶在耳，卻是一派言行不一的政府作為。
針對農委會黑箱作業之行為，民間團體有以下兩點強烈訴求：
1. 農委會應重新召開「保護台灣中華白海豚行動98年第二次跨部會協商會議」，且日後相關白海豚保育議題，應秉持資訊公開原則，並納入民間團體參與，並至少於開會前兩週提供相關資料給民間團體足夠的時間研讀。
2. 我們要求有關保育台灣中華白海豚的議題，必須保證是完全的公開討論，且進一步讓國際團體能夠參與並聽取其建議。
連署團體：媽祖魚保育聯盟（台灣生態學會、台灣永續聯盟、台灣環境保護聯盟、台灣蠻野心足生態協會、雲林縣野鳥學會、彰化海岸保育聯盟）、台灣動物社會研究會、中華民國荒野保護協會、台灣濕地保護聯盟、社團法人中華民國野鳥學會