一、本案除應以「政策環評」確認在地層下陷的農業區發展高耗水、高污染產業之妥適性外，並應與相關開發案如：大度攔河堰、彰工火力發電廠、國光石化等併案審查、整體評估：
(一)本案基地位於地層下陷區，調撥農業用水(6.65萬噸/日)發展高耗水產業，無異迫使農民必須抽取地下水灌溉，惡化地層下陷問題，有礙國土保安；而在農業區發展高污染產業(除本案之直接污染外，尚有其他配合本案開發之間接污染源)，更顯有污染農作、乳品、水產之虞，危害國家糧食安全，並造成相關就業人口失業問題，整體政策之合理性，必須預先進行政策環評！
(二)本案長期供水與大度攔河堰有關，應併案審查：
本案環說書修訂本第5-8至5-10頁載明：「…本園區主要供水水源目前依經濟部水利署規劃，擬採大度堰計畫引用烏溪水源供應…用水期程：短期(98-100年)用水量：0.48(萬噸)供水水源：既有自來水系統供水…長期(105年以後)用水量16.00(萬噸)供水水源：既有自來水系統暨大度堰聯合供水…彰化縣…水源主要取自地下水…地下水源開發無法滿足需求，故目前由大台中地區調配供水…大度堰為本計畫長期供水來源，水利署刻正積極進行大度堰之規劃及環評等作業，預計於民國105年以後開始供水，本園區水已納入大度堰供水範圍內…」。可知：本案長期用水既與大度堰有關，兩者無從割裂思考，大度堰目前仍在進行環評作業，自應併案審查。
(三)本案用電與彰工火力發電廠有關，應併案審查：
1、前環評委員郭鴻裕於審查本案時曾指出：「過去台電公司皆以缺乏電源提出許多開發電源方案，但本案開發單位對於增加近1座火力發電廠未經評估及應允供電，台灣電力公司應對此種現象提出說明；並對再增加5%的溫室氣體排放量提出說明」(見98年4月21日專案小組第1次初審會延續會議紀錄第9頁)。
2、吳再益委員曾於本案98年8月10日第4次初審會議時，亦表示：「…產學用電評估需放置一座火力電廠…彰工火力電廠(彰濱工業區內)還在做二階環評…超高壓變電所及輸配電線路皆需彰化縣政府大力配合，故懇請承諾，以避免損及中科四期未來的營運…」(見該次會議紀錄第7頁)，並於98年10月5日第5次初審會議表示：「…台電彰化地區面臨興建電廠及輸配電線路有待突破，以配合未來二林園區開發所需…中科四期所耗用電力量頗大，故彰化縣政府應考量電力供需平衡，期待協助相關電力開發」(見該次會議紀錄第6頁)。
3、承前，本案創造大量電力需求，需配合台電公司中部地區彰工火力電廠、超高壓變電所及輸配電線路等電力開發案，電力設施衍生之環境汙染問題須整體評估，無從割裂思考。
(四)本案放流水方案如將國光石化納入考量，應併案審查：
依行政院98年10月21日新聞稿指出：「...吳院長同時指示，中科四期排放水若可供國光石化運用，則接管方式送達。若國光石化不用，則放流點可經由低潮線起算加長三公里的排放管，排放至海域…吳院長並表示，將請環保署、中科、國光石化等研究排放水回收運用的可行性…」(資料來源：行政院全球資訊網)。查本案放流水方案如將爭議極大之國光石化納入考量，應併案審查。
二、本案專案小組第5次初審會議紀錄，刻意篩選紀錄內容大幅省略反對意見，立場明顯偏頗：
(一)98年10月5日專案小組第5次初審會議，有40名列席聲請者登記發言，惟會議紀錄經篩選，僅26名列席者之發言內容納入會議紀錄。
(二)其中支持開發者之「發言內容」多被納入會議紀錄；而反對開發者，僅立委、議員之「發言內容」及環保團體代表之「發言書面」被納入會議紀錄，其餘發言反對開發者，如：彰化縣議員梁禎祥、彰化縣議員黃振彥、前環評委員詹順貴律師、台灣環保聯盟李卓漢秘書長、彰化縣農權會林重謨(前立委)、彰化農會曾○火、彰化縣養殖漁業發展協會林○民、福興鄉漁民粘○麟、粘○修、粘○雄、福興鄉漁民代表粘張○雲、福興鄉頂粘村村長粘○本、福興鄉酪農顏○埕等之發言內容均遭省略。環保署身為環評中央主管機關，竟立場偏頗，紀錄失真，實應檢討改進！豈能自己不公，卻發新聞稿批評人民自力救濟，紀錄會議實況、保存證據。
三、本案專案小組第5次初審延續會議程序違法：
(一)環境影響評估依法應「公開」審查：
環境影響評估法第4條第2款：「環境影響評估…公開說明及審查…」、行政院環境保護署環境影響評估審查委員會專案小組初審會議作業要點第7點：「初審會議應依下列議程進行：…(二)開發單位簡報。(三)列席單位或人員陳述意見。(四)就本案相關議題進行討論…(六)專案小組作成結論。…」。可知：
1、環境影響評估程序必須「公開」審查，讓所有關心者均能充分參與。
2、開發單位簡報「後」，列席單位或人員得陳述意見。此順序涉及列席者針對開發單位簡報內容陳述意見之權利，不容恣意更動，剝奪列席者之發言權。
(二)本案專案小組第5次初審延續會議未依法「公開」審查：
1、每次會議出席之環評委員不一定相同，應獨立認定並充分保障公民程序參與權(包含：在場見聞權及意見陳述權)，不得假借「延續會議」之名，行剝奪公民參與權之實。
2、又本案98年10月5日專案小組第5次初審會議原定下午1時30分召開，主席卻宣佈休息至下午3時再召開，平白浪費1個半小時。並更動會議流程，略過開發單位簡報，嗣做成會議結論：「(一)本案另擇期召開延續會議…不再開放旁聽人員發言。(二)請開發單位於前項延續會議，就本次委員、專家學者及相關機關所提意見(詳附件)回覆說明」。藉由會議程序不當調整、切割，使旁聽人員失去就開發單位回覆說明內容提出質疑之機會。
3、另本案98年10月13日專案小組第5次延續會議當天，大批居民及環保團體成員，均遭禁止進入會場，少數獲准旁聽者，亦被侷限在旁聽室觀看轉播。試問：既然用納稅人繳交的公帑購置轉播設備，為何不願開放所有人觀看？何以忍心任由受開發案不良影響危害的居民千里迢迢北上關切，卻見不到環評委員一面，只能面對大批員警冷酷的盾牌，無從親自見聞：自己與後代子孫的健康、工作與環境權，是怎樣被環評委員和開發單位在環評會場中討論、決定的？
4、工商時報同日報導：「…環保署將此次會議定位為第5次會議延續會議，禁止地方人士及環保團體參加，一般認為有利議事程序進行，通過初審機會將增加…」(附件1工商時報報導)。一個必須藉詞禁止受開發行為不良影響之當地居民與關心環境之環保團體發言，經過消音與資訊封鎖，才能掩耳通過的初審會議結論，其正當性顯有重大疑義！
三、本案多處違反「工業區開發環境影響評估審議規範」：
本案因開發單位為隸屬國科會之中部科學園區管局，而以「科學工業園區」為名，惟本質上與經濟部主管之一般「工業區」無異，均應遵守「工業區開發環境影響評估審議規範」。惟本案卻有下列違法之處：
(一)開發單位未就受影響所及地區之「漁獲改變」及「受影響之漁民戶數」，提出說明與因應對策，違反工業區開發環境影響評估審議規範第11條：
1、工業區開發環境影響評估審議規範第11條明定：「開發行為對於水產資源之影響，應就影響所及地區之漁獲改變及受影響之漁民戶數，提出說明與因應對策」。工業區開發之毒水、毒塵污染水產資源，如未依法於環評階段調查、評估影響所及地區之漁獲改變及受影響之漁民戶數，不僅水產滯銷、漁民失業之經濟、社會影響難以正確評估，後續賠償訴訟，亦將面臨舉證困難。
2、本案開發將帶來水產污染問題，於98年10月5日第5次初審會議時，與會專家陳弘成教授曾提出豐富資料簡報說明「綠牡犡」問題；該次會議雲林縣政府農業處表示：中科四期廢水若排入濁水溪，將來不僅雲林的牡蠣、文蛤沒人敢買敢吃，甚至連鰻魚苗烏魚苗也將消失不見(見前揭會議紀錄第17頁)；環保署水保處亦清楚表明：對於各界關切長期生物毒性疑慮仍無法釐清、建議依牡蠣養殖特性，研析放流水是否造成影響、放流水排放至海後，隨洋流是否對附近海域養殖造成影響，請補充說明、有關大眾疑慮及特殊重金屬及毒性物質部份，仍未考量…長期總量確有影響疑慮(見前揭會議紀錄第28-30頁)。
3、本案應依環評法第13條之1，命開發單位依工業區開發環境影響評估審議規範第11條就影響所及地區之「漁獲改變」及「受影響之漁民戶數」，提出說明與因應對策，預期不補正或補證不符規定，應依同條規定函請目的事業主管機關駁回開發行為許可之申請。
(二)本案屬高污染產業，顯「影響周圍農業之生產環境」，違反工業區開發環境影響評估審議規範第19條：
1、工業區開發環境影響評估審議規範第19條第1款明定：「農地內之工業區開發行為，不得影響其周圍農業之生產環境」。本案位於台糖萬興農場及大排沙農場之農地內，附近土地使用主要以農業使用為主(見環說書修定本第6-65頁)。不當開發高污染產業將造成「農地畸零」，影響鄰近稻米專區、葡萄園與酪農業。
2、又本案初審會議結論(一)7.就長期水源完成前之水源供應，「調用農田水利會之農業用水量以6.65萬噸/日為上限」；前環評委員郭鴻裕於98年4月21日第1次初審會議時指出：「彰化是台灣重要米倉之一，在目前國內糧食自給率只有30%，世界存糧已降至8%，世界任何地區的天災都將影響我國的糧價波動。中科管理局與彰化農田水利會訂定調撥農業用水相當不合理…枯旱季農民也需要插秧用水或收穫末期確保產量，灌溉渠道沒有水可供灌溉，只有逼農民休耕或抽地下水灌溉，對國家、對農民、對消費者都是損害…對於影響眾多人生計的水資源公共物資如此任意撥用，應重新檢討…」(見該次會議紀錄第8頁)；本案為高污染產業，凌永健委員曾指出：「…導電度來源可能來自毒性物質：導電度過高會對生態環境嚴重影響，包括農業經濟…」(見98年8月10日會議紀錄第3頁)、李俊璋委亦曾指出：「福興鄉及二林鎮位於計劃區域西北方及北方，夏季本區域是否以南風、東南風或西南風為盛行風，而夏季亦為酪農區乳品主要產季，故並非如P.附22-28說明第二段無直接影響，應考量污染物乾溼沉降後，是否可能夠過食物鍊(沉降於牧草、青稞玉米等而後進入乳牛體中)造成之影響」(見98年10月5日會議紀錄第5頁)、雲林縣政府環保局亦表明：「光電業、半導體業製程中所用的化學原料，屬高毒性者甚多，然這些高毒性化學物質，許多都不為現行法令所禁用，或為放流水標準有所規範其排放濃度，若貿然排入濁水溪，勢必影響水域生態及污染地下水源，若本縣農民再引溪水或抽取地下水灌溉，其結果勢必影響台灣農糧蔬菜食用之安全…」(見98年8月10日會議紀錄第18頁)。
3、承前，本案既影響周圍農業之生產環境，違反工業區開發環境影響評估審議規範第19條第1款，自應認定不應開發。
(三)本案位於地層下陷區，卻規劃使用抽取自「地下水」之自來水，違反工業區開發環境影響評估審議規範第25條：
1、水利法第47-1條：「中央主管機關為防止某一地區地下水之超抽所引起之海水入侵或地盤沈陷，得劃定地下水管制區，限制或禁止地下水之開發」、工業區開發環境影響評估審議規範第25條：「開發基地位於地下水管制區或地層(盤)下陷區者，禁止規畫取(抽)用地下水」。查地下水管制區係為防止地下超抽所引起的「海水入侵」或「地盤沉陷」，就國土保安具有重要性，自應嚴格遵守。本案基地位於地下水管制區，依法禁止規畫取用地下水。
2、98年10月5日第5次初審會議與會機關自來水公司代表表明：「…本公司彰化地區自來水水源並不充裕，且大多為地下水源，又沿海地區多為地下水管制範圍，新開發地下水困難，尚仰賴台中等地區公所系統支援(約6.5萬CMD)，才能勉強滿足目前用水需求…本公司彰化地區現有水源各為地下水，故供應二林園區所需48,000CMD水量，並不能排除使用地下水…」(見98年10月5日會議紀錄第13、14頁)。查自來水公司尚仰賴台中支援方能勉強滿足彰化地區目前需求，如何擠出水來供應本案所需，已非無疑；且該公司既明白表示：不能排除使用地下水。則本案規劃使用源自地下水之自來水，仍屬取用地下水，對地層下陷問題仍有負面影響，違反工業區開發環境影響評估審議規範第25條，根本不應開發！
四、本案初審會議結論多處違法：
(一)本案對環境有重大不良影響，初審會議結論建議「有條件通過環境影響評估」顯然違法：
1、本案對環境不良影響過劇，且多處違反「工業區開發環境影響評估審議規範」，應依環評法施行細則第43條第4款「認定不應開發」：
本案在農漁牧業發達之地層下陷區，開發高耗水、高污染產業，嚴重危害農漁民生計與國家糧食安全。且為配合本案之水電需求，勢將通過：曾於二階環評時經專案小組做成「認定不應開發」之審查結論，而於96年自行撤案(附件2經濟日報報導)，嗣於環評委員更替後，再重新提出的「彰工火力發電廠」開發案；與前水利署署長吳憲雄在「全國治水會議」公開表示不相信能成功的「大度攔河堰」開發案，對環境有重大不良影響，應依環評法施行細則第43條第4款認定不應開發。
2、本案對環境有重大不良影響，如未於一階環評認定不應開發，應繼續「進入二階環評」審查：
(1)環評法第8條第1項：「…審查結論認為對環境有重大影響之虞，應繼續進行第二階段環境影響評估…」、環評法施行細則第19條：「本法第八條所稱對環境有重大影響，係指下列情形之一者：…二、對環境資源或環境特性，有顯著不利之影響者。三、對保育類或珍貴稀有動植物之棲息生存，有顯著不利之影響者。四、有使當地環境顯著逾越環境品質標準或超過當地環境涵容能力者…六、對國民健康或安全，有顯著不利之影響者。七、對其他國家之環境，有顯著不利之影響者…」。查環評法第8條既規定：「前條審查結論認為對環境有重大影響『之虞』，應繼續進行第二階段環境影響評估者」，而該法第8條所稱之「重大影響」，則例示規定於環評法施行細則第19條各款，可見只要開發案具有其中一款情形「之虞」，即應繼續進行第二階段環境影響評估，而非必須開發案對於環境「有重大影響」時，始足當之(最高行政法院98年度判字第772號、98年度判字第708號判決參照)。
(2)本案歷經2屆環評委員、5次初審會議、2次專家會議，含延續會議共計14次審查，審查過程本身已印證此開發案對環境有顯著不良影響。查二林地區地層嚴重下陷，居民多從事農業、養殖業，引進高耗水、高污染的科學工業園區，將惡化地層下陷問題，並使農作物、牡蠣、魚貝類受污染之農民生活陷入困境，對環境特性，有顯著不利之影響；且截斷地表逕流，減少河口淡水，排入高污染廢水，對第一級保育類野生動物中華白海豚之生存，有顯著不利之影響；該地空氣品質及水質已十分惡劣，更多污染將使當地環境顯著逾越環境品質標準且超過環境涵容能力，對國民健康有顯著不利之影響；另環境包含社會環境及經濟，尚有閒置之工業園區未充分利用，又配合財團需求，不斷開發新園區，浪費鉅額公帑，引入高污染產業，迫使居民無法以毒水灌溉、養殖，失去熟悉的謀生方式，又難以轉入有技術門檻之光電產業，對社會及經濟環境，有顯著不利之影響。
(3)另中科四期二林園區與中科三期七星園區均為光電產業開發案；且二林園區面積357公頃約為面積72.6公頃之七星園區的5倍；VOC排放量1,593噸/年亦為排放量750噸/年之七星園區的2倍多(見98年6月8日修正資料第60頁 表18 中科三、四期園區健康風險評估比)，縱依開發單位成效可疑之減量計畫，VOC排放量仍高達1,093噸/年(見環說書修訂本第7-10頁)，或初審會議結論准許排放之上限800公噸(見98年10月13日會議紀錄第4頁)，亦均較七星園區更高。而中科三期過去未經二階環評審查，直接「有條件通過環評」，業經司法判決認定審查結論違法(台北高等行政法院96年度訴字第1117號判決)。詎本案初審會議結論竟執意重蹈覆轍，前揭違法結論若經大會通過，未來必將進入訴訟程序。沉痛呼籲諸位環評委員：請本於專業、尊重法制，務必做出符合法律、無愧良知之審查結論！
(二)本案初審會議結論就開發單位「未提出」之廢(污)水河口排放方案進行審查，違反開發行為環境影響評估作業準則第12條、海洋生態評估技術規範第2條、第3條、政府重要經建投資計畫先期作業實施要點第3、5、10、12、13條、環評法第6條、第7條、第13條之1及同法施行細則第8條：
1、廢(污)水排放至河口應依法評估對該水體水質、水域生態之影響：
開發行為環境影響評估作業準則第12條第2項：「開發行為產生之廢(污)水排放至河川、海洋、湖泊、水庫或灌溉、灌排系統者，應評估對該水體水質、水域生態之影響，並訂定因應對策」、海洋生態評估技術規範第2條：「辨理環境影響評估作業時，涉及海洋生態之評估應依本規範之規定辦理」、同規範第2條：「本規範適用範圍包括海灣、河口、潮間帶、海岸及我國轄屬海域」。查開發單位過去就本案僅提出舊濁水溪原方案與濁水溪替代方案之評估資料，再未依法補提相關評估資料的情形下，初審結論貿然決議排放至河口，明顯違法。
2、排放方案之變動應依法進行「可行性評估」、「先期規劃」並重新送經建會審查「籌設計畫」：
(1)環評法第6條第1項：「開發行為依前條規定應實施環境影響評估者，開發單位於規劃時，應依環境影響評估作業準則，實施第一階段環境影響評估」、同法施行細則第8條：「本法第六條第一項之規劃，指可行性研究、先期作業、準備申請許可或其他經中央主管機關認定為有關規劃之階段行為」。政府重要經建投資計畫先期作業實施要點第3條：「本要點審議之經建投資計畫範圍如下：(一)經建投資計畫總投資金額在新台幣十億元以上者，包括新興及延續性之各項經建投資計畫。…」、同要點第5條：「中央政府各有關主管機關，對於所管第三點範圍內之各類計畫，應事先全面考量，通盤規劃，並分別行知其所屬各計畫執行單位。各計畫執行單位，應於擬編年度概算前，積極就成本效益、環境影響、技術方法、市場狀況、財務方案、及風險與不定性等，詳加評估，凡新興之重要投資計畫，並應妥訂定完成後之經營管理方式，依照規定格式詳細列明，於每年八月十五日以前，連同計畫書各一式十份，送達其主管機關。其為多年期之計畫，應擬編中、長期計畫及概算。」、同要點第10條：「下列各項有關資料，應隨同所提計畫附送，並由中央主管機關審核後，一併轉送行政院經濟建設委員會。(一) 延續性計畫，應附送前期計畫執行成果之檢討報告。(二) 新興計畫如另有必須之配合計畫，亦應附送。」、同要點第12條：「行政院經濟建設委員會審議結果，對於認為可行之各項計畫，應衡酌國家資源負擔能力，議定優先順序。前項審議工作應於每年十二月十五日以前完成，函報行政院，並副知行政院主計處、財政部及行政院公共工程委員會。」、同要點第13條：「行政院主計處根據行政院經濟建設委員會之審議結果，彙整提報行政院年度計畫及預算審核會議通盤核議後，簽報院長核定，惟預算審核會議之審核，若涉及行政院經濟建設委員會審議結果之變更，應會知行政院經濟建設委員會共同參與審核。」。
(2)查廢(污)水不同排放方案涉及之成本差異極大(本案開發單位曾分析三種排放方案之成本分別為：12億元、40億元、49.5至68億元)。開發單位當初呈請經建會核定之籌建計劃，應無本案環評新增之河口排放方案，相關興建成本如何？國家資源有無能力負擔？應依法於先期規劃階段，先由行政院經濟建設委員會評估確認可行後，再進入環評審查。科學工業園區管理局作業基金負債累累，不容再未經全面考量，通盤規劃之情形下，恣意承諾環評條件。
3、環境影響說明書為環評審查之範疇，其內容如有不足，主管機關應依環評法第13之1條命補正後，始得納入審查：
(1)環評法第7條第1項：「開發單位申請許可開發時，應檢具環境影響說明書，向目的事業主管機關提出，並由目的事業主管機關轉送主管機關審查」、同條第2項：「前項環境影響說明書應記載下列事項：…八、環境保護對策、替代方案…」、同法第13條之1：「環境影響說明書或評估書初稿經主管機關受理後，於審查時認有應補正情形者，主管機關應詳列補正所需資料，通知開發單位限期補正。開發單位未於期限內補正或補正未符主管機關規定者，主管機關應函請目的事業主管機關駁回開發行為許可之申請」。可知：環境影響說明書為環評審查之範疇，主管機關如認開發單位環說書所提「原方案」及「替代方案」尚有不足，應依法通知開發單位「限期補正」，始得納入審查範圍。若開發單位未於期限內補正，或補正未符主管機關規定。主管機關應函請目的事業主管機關限期「駁回」開發行為之許可，而非違反處分權主義，逕行就開發單位並未提出之方案，違法做成審查結論。
(2)查本案開發單位環說書修定本僅提出「舊濁水溪原方案」及「濁水溪替代方案」(見開發單位環說書修定本第7-50頁)，並未提出「海洋放流方案」。此部分，98年10月5日第5次初審會議時，吳再益委員曾表示：「…放流水問題，在幾個可能方案中針對1.舊濁水溪、2.濁水溪外…有無海洋放流之規劃，且上述三者之差異分析為何，宜深入探討？」(見前揭會議紀錄第6頁)；陳弘成教授亦於同次會議中表示：「…本案目前僅提出排入舊濁水溪方案，並沒有列出專家會議的放流水替代方案，故可暫時不予審查…河口或沿岸廢水排放，都會對中華白海豚有所影響，因其棲息於9m以淺之水深，沿岸3km以內的水域…」(見前揭會議紀錄第11頁)，及於98年10月13日延續會議中表示：「…開發單位並沒有將三個方案提出供審查，因此本案將拒予審查，建議退回，俟補足資料後再提…」。
(3)詎初審會議在已有委員及專家提醒此問題的情況下，仍違背處分權主義，未命開發單位將海洋放流方案納入環說書進行評估，即在評估資料不足，未深入探討之情形下，倉促做成結論，不僅明顯違反環評法第7條、第13條之1及環境影響評估作業準則第12條、海洋生態評估技術規範第2條、第3條，更可能因評估資料欠缺，做出實質不當的結論。
(三)本案初審會議結論將污水排放方案交由「開發單位自行選擇」違反環評法第1條、第4條「預防原則」及行政程序法第5條「明確性原則」及同法第7條第2款「最小侵害原則」：
1、依98年10月13日會議紀錄所載，凌永健委員：「…放流水污染物排放總量(P.5-34，表5.2.8-1)仍未推估，難能確定符合環境負荷…」(見該次會議紀錄第5頁)、洪振發委員：「…對於污水排入舊濁水溪與濁水溪的說明仍有疑慮…評估方法與數據仍有未確定性，評估基礎的未確定性有不利影響時之比較評估，及對策並無明確說明…中科已有三期加上其他科學園區對於已發生污染的案性…應有統計資料，可作為本案相關疑慮之處理對策…」(見該次會議紀錄第7頁)、陳鎮東委員：「…請提供科學證據證明『農作物對導電度的實際耐受性顯然較標準限值為高』；僅能存活不表示有實際耐受性…」(見該次會議紀錄第8頁)、劉益昌委員：「…導電鍍等評估均不宜以平均計算…廢污水排放…仍有進一步澄清民眾疑慮，資料必需確實引用，並引用不同研究結果…本案疑慮仍大，應考慮進行二階環評…」(見該次會議紀錄第9頁)、與會專家陳弘成教授：「…本報告中所有爭議的議題，如…排放地點、生物毒性及環境荷爾蒙的急慢性影響…都沒有好好研究及規劃，甚或管制，建議退回補充資料…濁水溪及舊濁水溪，作為排放水口之接受點似已不可能，故建議本案退回或進入第二階段環評…」(見該次會議紀錄第10、11頁)、與會專家侯文祥副教授：「…設計單位只使用3個數據的平均值作模擬，提出的可稀釋結果過度樂觀…設計單位只使用1個日流量數據提出一個模擬結果，並不足以反應全年的河川水路實際現象…提出使用河川稀釋方案的水質影響分析結果，過度樂觀…」(見該次會議紀錄第12、13頁)。可知：本案放流水方案，於會議時仍有諸多疑義及補正要求。
2、又依最高行政法院98年度判字第708號撤銷環評訴訟判決：「…在第二次審查會尚有前述諸多疑義及補正要求之情形下，主管機關環評委員會不再召開第三次審查會，卻決議『先通過、再審補正資料』，此項作法似亦明顯違背最小侵害原則…」。查本案高污染廢水無論採何種排放方案，均對環境造成重大危害。初審會議結論既不願退件要求補正資料或進入二階環評審查，亦不願在2次放流水專家會議、5次初審會議，含歷次延續會議合計14次會議後，就放流水方案做出影響較輕之審慎抉擇，直接授權開發單位自行選擇排放方案，顯將造成開發單位就放流水排放問題，完全以經濟成本而非民眾健康為考量。明顯違反環評法第1條、第4條之「預防原則」及行政程序法第7條第2款「最小侵害原則」。
3、另依最高行政法院98年度判字第772號撤銷環評訴訟判決：「…所附條件『一檢討廢水處理廠設施地點是否合理』、『五檢討活性碳設置之必要性』，對於究竟要檢討到什麼程度，檢討的結果如認為不合理或不必要時，應如何處置，均無規範。此種條件似不具明確性，亦不知其規範目的何在，核與行政程序法第5條規定亦不相符…」。查本案初審會議結論(二)授權開發單位就「環境、技術、經濟、管理等4方面充分檢討後，採行較佳方案」(見前揭會議記錄第4頁)，所定條件對於何謂較佳方案？所選方案如不合理時，應如何處置？均無規範，明顯違反行政程序法第5條明確性原則。
(四)本案初審會議結論未要求「污水處理廠」完工後始得營運，違反環評法第1條、第4條「預防原則」：
環保署水保處於98年10月5日初審會議時表示：「污水廠及放流廠專管完成前之進駐廠商，開發單位規劃由廠商申請排放許可並以放流水標準進行管制，如此恐重蹈中科后里園區覆轍…建議應依開發單位原環說書方案，俟污水廠及放流專管完工後，方可營運」(見該次會議紀錄第31頁)、凌永健委員亦曾於98年10月13日延續會議時表示：「…承諾在污水處理廠及放流專管完工之後，才開始營運…」(見該次會議紀錄第5頁)，惟初審會議所列條件並未將「污水廠」完工後方可營運納入，使放流專管完成後，可能排放未經污水廠處理之高污染廢水，顯違反環評法第1條、第4條「預防原則」。
(五)本案初審會議結論准許於河口潮間帶排放廢(污)水，相關工程施作擾動及水污染，將騷擾瀕臨絕種之保育類野生動物中華白海豚，違反野生動物保育法第18條：
野生動物保育法第18條：「保育類野生動物應予保育，不得騷擾、虐待、獵捕、宰殺或為其他利用」。查：深受國人及國際保育團體(如：The Eastern Taiwan Strait Sousa Technical Advisory Working Group (ETSSTAWG)即：東台灣海峽中華白海豚技術顧問工作小組、Humane Society International、Natural Resources Defense Council, USA、Blue Dolphin Alliance、Hong Kong Cetacean Research Project、Hong Kong Dolphin Conservation Society、APEX Environmental、Coral Triangle Oceanic Cetacean Program、IUCN Species Survival Commission - Cetacean Specialist Group、Ocean Park Corporation, Hong Kong、Ketos Ecology、Cetacean Society International、Study Centre for Marine Conservation, CEMAR、Animals Asia Foundation、American Cetacean Society、Earth Island Institute、Animal Welfare Institute等團體)關注之瀕臨絕種保育類野生動物中華白海豚，主要棲息在離岸1公里內，水深超過20米的海域，並以該水域之魚類為食(附件3節錄第一屆台灣海域中華白海豚保育研究工作會議報告第3頁)。本案初審會議結論准許開發單位於河口潮間帶排放廢水，不僅危害沿海養殖漁民之生計與水產食品安全，相關工程施作擾動及水污染，更將涉嫌騷擾保育類野生動物，違反野生動物保育法第18條，如因而造成鯨豚滅絕並將損害我國保育形象。
五、違法的行政作為將付出高昂的社會成本：
(一)政府知法犯法形象全無，上行下效影響國民守法風氣：
「依法行政」是法治國家最基本的原則。本案審查過程高層官員不斷對外放話企圖干預環評，環保署亦違反行政中立，多次發新聞稿協助開發單位打壓環保團體及記者，環評初審結論更多處違法。中科三期環評違法通過，已有法院判決撤銷之前例(台北高等行政法院96年度訴字第1117號判決)，本次政府若執意知法犯法，明知本案對環境之不良影響重大，仍違法有條件通過環評，不僅形象全無，上行下效必將影響國民守法風氣。
(二)不當虛耗司法資源：
政府既有依法行政之義務，自不應故意違法，迫使人民循司法途徑尋求救濟。本案如違法通過，必將衍生訴訟，盼委員秉持專業，做出「合法」之審查結論，避免司法資源不當虛耗。
(三)衍生國賠爭議：
1、林內焚化廠撤銷環評訴訟中，最高行政法院96年度判字第01601號判決認定：「是否得依國家賠償法請求賠償，並非行政法院為情況判決時所應考慮之項目，否則豈非違法行政處分皆可『就地合法』？」，廢棄原審以「系爭焚化廠，已正式啟用在即，若判決撤銷原處分，目前已實施之工程行為均將因原處分之撤銷而失所附麗，而須全予拆除，此一社會成本顯然過鉅」為由，未撤銷原處分之情況判決。可知：違法的環評審查結論，即使撤銷判決之結果，將造成相關工程須依法拆除及衍生廠商請求國賠等社會成本，仍應依法撤銷，不能容任「就地合法」。
2、查林內焚化廠案當初違法通過環評，最後爭議不斷、廠商解約，仲裁判斷命政府賠償廠商三十多億元，付出慘重代價，未來若撤銷環評審查結論之訴訟確定，衍生拆除工程及與新廠商間之履約爭議，又是另一筆社會成本。
3、政府聲稱此案為民間「重大投資」，惟重大投資若強行建構在違法的基礎之上，恐將面臨「重大風險」。民間投入的資金越多，未來行政處分違法撤銷判決確定，政府回頭面對早該遵守之「依法行政」義務，衍生之賠償金額就越高。
4、高污染產業造成人民受害，除污染行為廠商須負賠償義務外，怠於執行職務，致人民權利遭受損害或公有公共設施設置或管理有欠缺，致人民生命、身體或財產受有損害時，均將負擔國家賠償責任(國賠法第2條、第3條)