一、開發單位一再拖延完整補正，應依環評法第13-1條函請目的事業主管機關「駁回」開發行為許可之申請：
(一)環評法第13-1條第1項：「環境影響說明書或評估書初稿經主管機關受理後，於審查時認有應補正情形時，主管關應詳列補正所需資料，通知開發單位限期補正。開發單位未於期限內補正或補正未符主管機關規定者，主管機關應函請目的事業主管機關駁回開發行為許可之申請，並副知開發單位」。
(二)查本案自98年4月7日起歷經5次初審會議，含延續會議共計召開13次會議，開發單位所提廢污水排放方案一改再改，諸多問題遲遲無法解決。顯見開發單位歷次補正資料根本「未符主管機關規定」，自應依環評法第13-1條規定函請目的事業主管機關「駁回」開發行為許可之申請。
二、本案對環境不良影響過鉅，應依環評法施行細則第43條認定不應開發。
三、開發單位所提審查意見補充修正資料，多處表明不願負責：
(一)環評法第17條：「開發單位應依環境影響說明書、評估書所載之內容及審查結論，切實執行」、同法第23條第1項第1款就違反該條定有罰則，不實登載環說書、評估書、勘察現場紀錄、公聽會紀錄等資料者，依環評法第20條並有刑責。
(二)查開發單位提出之「審查意見補充修正資料」多處記載：「答覆內容僅提供相關說明，不涉及補充納入環說書之資料」，可知：標明此段字樣之內容，係開發單位表明不願負責之環評資料。懇請委員審查時，將認為重要之說明內容要求「納入環說書」，或將此類開發單位拒絕負責之說明內容視為「無記載」，以免誤受開發單位拒絕負責之說明內容影響。
四、當政治力不當干預環評審查獨立性時，委員實應挺身抵抗、捍衛清譽：
(一)環境影響評估採「委員會」制度，環評法第3條第2項明定：「前項委員會任期二年，其中專家學者不得少於委員會人數三分之二。目的事業主管機關為開發單位時，目的事業主管機關應迴避表決」。查環評審查採委員會制，並要求一定比例之專家學者參與及迴避制度，旨在確保委員會能客觀、獨立運作，不受政治力不當干涉。
(二)惟98年9月28日經濟日報報導：「…行政院秘書長林中森昨(27日)晚表示，行政院長吳敦義已指示中科四期、國光石化、六輕五期等國家重大投資案應確實掌握進度，以利民間重大投資順利進行…林中森強調，中科四期二林基地原預定在今年7月底動工，後因環評問題無法過關，至今尚未動工，經協調後，環評可望在10通過，11月可望動工…」。而行政院98年9月24日第3163次院會決議資料亦載明：「…友達集團等16個企業準備在中科四期推動九千億元以上的重大計畫，預估年產值可以超過九千五百億元，創造三萬個就業機會，但因廢污水處理後的排放問題，以致原定7月28日動工卻延宕至今。為了使上述兩項重大投資能夠儘速推動，請林秘書長協調相關部會積極協助解決各項問題…」(資料來源：行政院全球資訊網)。可知相關報導並非空穴來風，行政院確曾為協助友達等16個企業推動中科四期進行協調。
(三)查行政院不當干預環評審查，並非首例。95年3月27日即曾發生9名環評委員共同發表聲明稿：「…行政院日前以大動作向各大報媒體表示，我國的環境影響評估程序已經成為經濟發展的最大絆腳石，並要求中科、國光石化、大煉鋼廠等重大案件應協調儘速通過環評，就此本聲明提出最嚴正之抗議，反對行政院片面向外界放話，非但嚴重影響環評制度之形象，並已實質干預獨立而專業的審查機制...中科后里園區環評，便經委員指稱政院直接對其施壓；另如行政院蔡副院長英文甚至對外要求環保署於四月上旬，必須完成中科七星農場基地審查，以利廠商五月進駐，試圖連審查時程都要做出『明確指示』，不僅破壞行政體制，更是高度政治凌駕專業，完全踐踏環評委員會的形象及尊嚴…」。可知有骨氣的環評委員不會容忍政府官員對外放話、就審查時程進行指示，政治力凌駕專業的行徑。
(四)另中科三期七星農場開發案，環評委員曾針對「有條件通過環評」和「進入第二階段環評」進行表決，支持「進入二階」的8位委員均係「專家學者」，而支持「有條件通過環評」的10位委員中，有5位是從未親自參與專案小組討論的「官派委員」，當時曾引起環評委員集體退席並聯名抗議(見前次會記錄書面意見附件3)。嗣後司法審查果認定該案應「進入二階環評」，判決撤銷違法通過之環評審查結論(見前次會記錄書面意見附件4)，此案例已成為環評制度研究之重要對象，可知當政治力不當干預環評審查，極可能導致扭曲、違法之審查結果。
五、環境影響評估依法應「公開說明及審查」，陽光之下才有真相：
(一)環境影響評估法第4條第2款明定：「環境影響評估…公開說明及審查…」，可知：環境影響評估程序必須公開、透明，讓所有關心的人均能充分參與，絕不可黑箱作業！
(二)又公民參與對環境問題的發現與預防，係助力而非阻力。21位環評委員要在極短的時間內詳讀厚厚的環評資料，十分辛苦。尤其當開發單位刻意避重就輕，淡化甚至隱藏開發行對對環境造成之不良影響時，環評委員在有限的時間內，欲逐一發掘真相，並非易事。此時關心環評案件的居民、團體參與環評程序，從不同生活經驗、專業角度，提出意見，可協助環評委員免於遭開發單位矇蔽，使真相更容易在陽光之下顯現。
(三)本次環評初審延續會議不再開發旁聽人員發言，卻准許開發單位發言，無異剝奪居民與環保團體當場回應、質疑開發單位不實陳述之權利，將使真相更難發現。
六、「政策環評」應在「個案環評」之前完成：
(一)環評法第26條於83年12月30日公佈施行，有影響環境之虞之政府政策，自應依法辦理政策環評。政府政策環境影響評估作業辦法第3條、第5條於89年12月20日公佈施行，「應實施環境影響評估之政策細項」亦於95年3月22日修正公告明定「工業區設置」及「水資源開發政策」，屬應實施環境影響評估之政策細項。本案於98年2月提出環說書，顯在上開法令公布施行之後，自應依法行政，於個案環評前，先依法辦理政策環評。
(二)又二林為地下水管制區，彰化、雲林持續下陷面積為全國之冠。水利署地層下陷防治網資料指出：「…過度開發的結果，易導致地層下陷，而使得排水不良、海水倒灌、海水入侵、地下水鹽化等問題相繼出現，危害居民及農、漁業環境…災害面：海水倒灌或海堤潰決、建築工程結構物與維生系統設施損害；水資源：海水入侵導致地下水鹽化、地下含水層輸水、儲水、供水功能衰退；土地面：…海岸線逐漸退後造成國土流失嚴重後果；經濟面：政府編列地層下陷災害修復工程經費逐年提昇…第二期方案六大防治對策分別為：1.依據區位條件合理發展產業；2.推動區域水資源調配與管理；3.加速消減洪澇災害損失；4.落實地層下陷區土地防護管理…」。而水利署、漁業署、營建署及縣市政府過去檢討地層下陷防治方案時，曾提到：「…環境汙染造成水質劣化…故抽取地下水使用之依賴仍深…」。前水利署副署長、逢甲大學水利工程及資源保育系兼任副教授吳憲雄更曾於「全國治水會議」中指出：政府近10年來，每年投入新台幣800至1000億元用於水土治理及災害救助，但因缺乏「整體規劃」，難有預期效果。水利署沒有水可以供應，但是地方政府硬要開發，例如：二林科學園區，沒有水，但是地方一定要開發，那怎麼辦呢?就是做一個大肚堰大度堰，但是大度堰能成功嗎?我是不相信能成功。
(四)查雲彰地區為台灣的糧倉，且位於地層下陷區的中科二林園區開發案，將可涵養水源、預防洪澇之廣大農地，水泥化為廠房，並大量使用抽取自「地下水」的自來水，排出污染鄰近良田、漁塭之毒廢水，農漁產品遭毒害，農漁民生活陷入困境，地表水質持續劣化，加重對地下水之依賴與地層下陷問題，顯未「依據區位條件合理發展產業」、「加速消減洪澇災害損失」、「落實地層下陷區土地防護管理」。本案所需水電設及「大肚攔河堰」、「彰工火力發電廠」開發，均係社會上有極大爭議之開發案。為了本案需配合開發環保爭議極大之水電建設，破壞更多自然環境，增加環境災難風險，在風災過後，國土復育意識覺醒的今日，就「區域資源調配與管理」是否合理？自應事前以「政策環評」全面檢討相關政策，絕不能讓「個案環評」搶先闖關，事後再強迫配合供水、供電！
七、開發單位環保紀錄不良：
開發單位於97年7月2日及同年月10日均曾因違反環評法第17條，依同法第23條第1項第1款處分，環保紀錄不良，未來信守環評承諾之能力堪慮，自不應「有條件通過環評」。
八、本案應進行「社會環境」及「經濟」影響評估：
(一)環評法第4條第1款明定：「環境影響評估：指開發行為或政府政策對環境包括…社會環境及經濟…等可能影響之程度及範圍，事前以科學、客觀、綜合之調查、預測、分析及評定，提出管理計畫，並公開說明及審查」。
(二)查本件既有高污染問題，「農、漁業狀況、產值」等社會環境、經濟基本資料，應要求開發單位事前確實調查，留下相關紀錄，避免日後污染發生時，開發單位推拖責任。
(三)又本案環境汙染過鉅，有毒農漁產品產銷全國、「農漁民失業」；地下水管制區超限開發引發環境災難，造成「環境難民」，相關社會環境影響應詳實評估。
(四)末按政府預計投入數百億公帑開發本案，每一塊錢都是納稅人的血汗錢，或是由後代子孫背負沉重債務。經濟影響評估部分，不能只看「預期獲利」，應兼顧「預期損失」；不能只看「財團的獲利」，應檢視「一般民眾的損失」；不能只看「單一產業短期間的獲利」，應設想「世世代代永續經營的獲利」。一片乾淨的土地，可以讓好幾代人安居樂業，讓國家糧食自給自足，減少國際糧價波動風險之衝擊，保護金融海嘯衝擊下的都市失業人口，返鄉漁耕獲得溫飽。引入高污染產業，使少數廠商獲得短暫利益，卻毒害鄰近良田美地，增加農漁民失業率、就醫支出及污染整治成本。守護美好的農地、漁塭，不讓高污染產業荼毒，才是真正的庶民經濟！
最後，懇請委員們為仰賴土地與水源維生的廣大農漁民著想、為過度開發下被迫遷離家園的「環境難民」著想、為食用有毒農漁產品健康受害及過度仰賴進口糧食於國際糧價波動時受苦的全國百姓著想，就中科四期二林開發案做出符合法律且無愧良知的決定!