曾文水庫越域引水工程所經之處，高雄縣桃源鄉勤和村、三民鄉民族村、下游的甲仙鄉小林村與那瑪夏鄉，在八八水災，均發生慘重傷亡災情。該越域引水工程是否為元凶或幫兇，專家學者雖各有說法，檢察官也正如火如荼展開調查。在事實真相未明之前，水利署飽受質疑指責。環保署未受波及，至少是因為該案經過二階段環評，且水利署違反環評結論擅自變更設計施工在先（雖然環保署亡羊補牢，災後才開罰）。
然而在該重大爭議方興未艾之際，經濟部水利署另一越域引水──大安大甲溪水源聯合運用輸水工程，卻趁所有關注焦點仍集中在災情與重建條例草案之時，將於八月二十六日在環保署的環評大會再度闖關。
此一貫穿大安溪與大甲溪的越域引水工程計畫，從台中縣石岡壩上游二百公尺以挖掘隧道及明挖覆蓋方式埋設輸水管道。其中隧道總長約四‧八公里。興建此工程的必要性，水利署名義上聲稱是為穩定大台中地區公共用水，實際上根本是為解決中部科學工業園區一至三期的工業用水。
相較於曾文水庫越域引水，大安大甲溪越域引水工程更令人膽顫心驚，其規劃設計的引水隧道口，竟在被九二一大地震震毀的石岡壩上游二百公尺，不僅鄰近土石流危險溪流的中潛勢溪流，更無視於此工程計畫區域內有枕頭山斷層、三義斷層、屯子腳地震斷層、大安背斜、觀音山斷層、埤頭山斷層、車籠埔斷層與九二一地震造成之地表斷層（頂埔斷層、埤頭斷層、九房厝斷層、）等高達十個斷層與破碎帶（其中三義與車籠埔為活動斷層），仍計劃以鑽炸方式開挖隧道，並將所挖掘出的土石暫置在溪岸高灘地，幾乎與曾文水庫越域引水工程模式如出一轍，但危險性卻是有過之而無不及。
台灣每年仍不可避免的會有颱風豪雨陸續造訪，在氣候變異日益極端的趨勢之下，如莫拉克颱風所帶來每年發生機率為二百五十分之一的降雨量，難保不會在短短數年內再度在中部山區重演。而大安大甲溪越域引水工程所經之處及其下游，人口密度遠高於曾文水庫越域引水所經區域，其工程設計方式，在防災(包括釀災與受災)上，能否承受此種暴雨洪水？尤其在大甲溪上游，台電的青山電廠復建工程計畫，預計亦以鑽炸方式開挖五．六公里的隧道, 並在中橫四十‧五Ｋ的大甲溪高灘地堆置高達四十四萬立方米剩餘土石方，本計畫可有因應本次八八水災所降暴雨之影響及一併將該青山電廠復建工程堆置土石方對本案的關聯影響重新檢討評估？
因此建議，本案應進行第二階段的環評，至少應再退回專案小組釐清本工程計畫，能否承受如莫拉克颱風暴雨洪水的衝擊？