環境影響評估法施行細則修正後，對於環評主管機關的認定捨棄過往以目的事業主管機關對應決定的方式，改以開發行為態樣及規模或細項決定之。這樣的修正看起來似乎是為了解決過去主管機關分工不明的問題，然而卻造成更多新的漏洞；例如依據新法，開發單位只要調整開發內容，就可以任意的選擇主管機關。
這樣的區分主管機關的方式不但沒有說明理由，也沒有考量各開發行為所涉專門法規特殊性、影響層面及範圍廣狹、現行已劃定之主管機關、避免機關割裂、審議案件能力、民眾參與的難易程度與專家學者意見等等因素；這樣的施行細則是否符合母法環境影響評估法的環境保護優先原則，不無疑問。
會商無法真正解決複數主管機關問題
進一步來說，就算真的依照施行細則附表一的分類區分環評主管機關，亦難以解決複數主管機關問題。施行細則第十二條第三項規定，當主管機關分工有爭議時，由中央主管機關會商相關直轄市、縣市轄市主管機關認定之；這樣的規定事實上和行政程序法之管轄規定並無太大區別，又容易導致規範疊床架屋、更留有恐使有心人士上下其手的空間。真正解決的方法應該由主管全國環境保護事務的環保署在管轄發生爭議時，直接出任主管機關一職，以避免上述問題。
過度僵化的分類方式
此外，施行細則附表一直接以開發行為態樣與規模決定主管機關，不免失之僵化。以大故宮案為例，僅因為故宮博物院屬於文教設施，依照施行細則附表規定，係由地方為環評主管機關；從這個例子就可以很明顯的發現，此種僵化的分類方式無視大故宮計畫涉及全國性的觀光政策，其影響範圍非僅侷限於台北市。另大故宮計畫之目的事業主管機關層級為中央，其兩百餘億元之計畫預算既由中央支出，卻交由地方審查，不免失衡。
一個簡單的例子
比較好的做法是，應當回歸開發行為本身對於環境影響之輕重以及影響範圍多寡決定環評主管機關。簡單的來說，就是只有在開發行為具有因地制宜的性質，且對於環境影響輕微時，才能由地方擔任主管機關。故宮博物院屬於全國性的博物館，無論層級、規模與知名度畢竟與地方美術館(例如台北當代藝術館、台北市立美術館)不同，當要進行開發時，所需要的考量範圍當然有所差異。依照新修正的環評法施行細則，屬於中央層級、應考量範圍較廣的故宮博物院開發行為居然與屬於地方層級、應考量範圍較狹的台北市立美術館相同，一概皆由地方主管機關審查。這樣的例子正恰巧說明了新修正之環評施行細則不合理之處；但若回歸修法前的處理方式，目的事業主管機關為中央層級的故宮博物院，影響範圍較廣，交由中央審理；而屬於地方層級、影響範圍較小的市立美術館若要進行開發，則由地方為主管機關。這樣的處理方式似乎較為合理。
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